Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BN.1.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
BN.1.3.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
B.1.1.513
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.338
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.284
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.9.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.498
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B.1.184
ORF1ab
Charité-ORF1b
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B.1.187
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-20262.1
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D.3
ORF1ab
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F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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B.1.110.1
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22
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15431
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F
-20262.1
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22
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F
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ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.1.393
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.1.381
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
C.32
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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AE.8
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
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B.1.1.516
ORF1ab
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F
-643.025
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F
-643.025
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ORF1ab
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22
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F
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AE.7
ORF1ab
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F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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XAT
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
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ORF1ab
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F
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F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
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F
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ORF1ab
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F
-20262.1
Germany
BA.2.65
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
BA.5.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
BG.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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BA.2.61
ORF1ab
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22
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F
-5786.4
Germany
BA.5.1.23
ORF1ab
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22
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F
-5786.4
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BF.8
ORF1ab
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-20262.1
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ORF1ab
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F
-20262.1
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BA.2.12
ORF1ab
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22
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15452
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-20262.1
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BM.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
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BA.5.2.28
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
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Germany
BA.5.2.62
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
15452
F
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BA.5.2.24
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-3521.26
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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