Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.535
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
A.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
A.24
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.564.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.345
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.53
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.450
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.334
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.589
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.335
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.169
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
Germany
B.43
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
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B.42
ORF1ab
Charité-ORF1b
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AE.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
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ORF1ab
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-20262.1
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B.1.106
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D.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
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F
-20262.1
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B.1.1.290
ORF1ab
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22
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
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F
-20262.1
Germany
BA.5.2.22
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22
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F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
BF.38
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
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BF.38.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
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15431
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F
-20262.1
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BF.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
Germany
BT.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-17266.7
Germany
BA.5.2.55
ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
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F
-20262.1
Germany
BA.5.1.30
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
BE.11
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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ORF1ab
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F
-20262.1
Germany
BF.24
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
BF.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
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BA.5.6.2
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
BA.5.1.10
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
BF.41
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
BS.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-5786.4
Germany
BA.5.1.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-5786.4
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ORF1ab
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BM.1.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-5491.88
Germany
BF.12
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-20262.1
Germany
BF.5.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
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54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BQ.1.18
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BF.5.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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