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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
AY.112.2 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.112.2 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.13	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.13	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
Q.8 (Alpha)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
Q.8 (Alpha)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.122.1 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.122.1 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.3.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.3.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.5.6 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.5.6 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.440	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.440	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.177.25	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.177.25	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.23.2 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.23.2 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.104 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.104 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.198	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.198	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
EG.1.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
EG.1.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
XAF	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
XAF	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BC.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BC.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
P.1.17.1 (Gamma)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
P.1.17.1 (Gamma)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BA.2.3.16	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BA.2.3.16	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.177.41	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.177.41	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.375	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.375	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BL.1.4	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
DN.1.1.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.626	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.626	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-20825.3	Japan
B.1.629	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.629	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
GA.9	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
GA.9	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.61 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.61 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BA.2.75.6	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BA.2.75.6	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
GC.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
GC.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used