Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.304
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.315
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.516
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.354
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.162
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.426
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.402
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.424
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.61
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.264
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.581
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.330
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.205
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.177
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.301
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.308
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.210
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.325
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.590
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.116
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.496
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.438.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AY.49 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
FY.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.497
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
EN.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AY.30 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AY.85 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBB.6.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BF.21
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
FK.1.3.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBF
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.5.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BF.11.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBF.7.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
FY.5.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
FP.2.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBB.2.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
FL.2.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
JW.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
JL.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.571
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AY.55 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XAM
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.239
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.574
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.355
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
GA.7.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.403
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
A.27
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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