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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
A.27	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
A.27	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BQ.1.1.30	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BQ.1.1.30	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BQ.1.9	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BQ.1.9	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
GW.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
HH.6	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
KN.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
KN.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.43.1 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.43.1 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.332	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.332	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
JB.2.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JB.2.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BA.2.86.7	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
BA.2.86.7	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
B.1.12	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.12	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
JW.1.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JW.1.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
XBB.2.3.18	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
XBB.2.3.18	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
XBC.1.6.5	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
XBC.1.6.5	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
FL.39	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
FL.39	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.141	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.141	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.591	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.591	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.468	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.468	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.131 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.131 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.586	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.586	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.366	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.366	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.380	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.380	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.148	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.148	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.382	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.382	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.356	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.356	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.376	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.376	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used