Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.77
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AE.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.504
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AE.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.201
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.221
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.410
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B.1.1.411
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22
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-20262.1
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B.13
ORF1ab
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22
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F
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Germany
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ORF1ab
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-20262.1
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B.1.247
ORF1ab
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22
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B.1.1.110
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B.1.434
ORF1ab
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15431
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B.4.5
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22
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ORF1ab
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ORF1ab
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B.37
ORF1ab
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F
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Germany
B.57
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
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AH.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
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ORF1ab
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F
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ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.252
ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.223
ORF1ab
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22
54.55
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ORF1ab
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22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.177.5
ORF1ab
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22
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15431
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AY.11 (Delta)
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Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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Germany
B.1.428
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.355
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
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-20262.1
Germany
AY.34.1.1 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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