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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
JN.3	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.3	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.58	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.58	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.19	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.19	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.24	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.24	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
KQ.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
KQ.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.46	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.46	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.1.3	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.1.3	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.48	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.48	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.47.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.47.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.7.5	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.7.5	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.8.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.8.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.29.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.29.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
KP.2.8	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
KP.2.8	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.11	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.11	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.24.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.24.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.18.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.18.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
LU.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
LU.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.40	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.40	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
MG.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
MG.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.59	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.59	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
LG.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
LG.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-18584.5	Japan
KP.2.10	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
KP.2.10	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
LK.2.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
LK.2.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
LB.1.7.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
LB.1.7.1	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used