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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BA.2 (Omicron) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.5.5.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CH.1.1.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.2.3 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CH.1.1.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.66 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BN.1.3.12 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.5.2.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CH.1.1.13 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.2.9 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BM.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.5.1.5 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CH.1.1.15 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.19 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BN.1.3.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.4.6.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.5.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.26 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| XBB.1.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| XBB.3 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.76 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BN.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CK.1.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.11 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.4.6.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.3 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.5 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.2.75.5 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BF.7.8 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.40 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| DM.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.1.60 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| CK.2.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BQ.1.13 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.1.9.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| XDK.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| XBB.1.16.16 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| KT.1.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| LE.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.1.7.7 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.1.49.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.3.2.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| LB.1.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.3.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| GE.1.2.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.1.58.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JN.1.8.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |