Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.514
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-13747.9
China
BA.2.3
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-13747.9
China
BF.7.14.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.14.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
BF.7.27
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-13753.9
France
DJ.1.1
S
Young-S
TATACATGTCTCTGGGACCA
20
45
21763
21782
F
-13769.6
Singapore
DJ.1.1.1
S
Young-S
TATACATGTCTCTGGGACCA
20
45
21763
21782
F
-13769.6
Singapore
B.1.1.284
S
Young-S
ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC
24
37.5
21876
21853
R
-13792.1
Singapore
GA.7.2
E
Charité-E
ATATTGCAGCAGTACGCACACA
22
45.45
26381
26360
R
-13811.8
Germany
BQ.1.20
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-13842.9
Japan
B.1.167
N
SC2
CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC
23
43.48
29463
29485
F
-13863.4
US
B.1.1.348
N
Chan-N
GCGTTCTTCGGAATGTCG
18
55.56
29210
29227
F
-13865.4
China
EN.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-13875.9
Singapore
BL.1.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-13880.2
China
B.1.213
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-13884.7
China
B.1.177.5
S
Young-S
TATACATGTCTCTGGGACCA
20
45
21763
21782
F
-13940.9
Singapore
JN.11
S
Young-S
TATACATGTCTCTGGGACCA
20
45
21763
21782
F
-13940.9
Singapore
KF.2
S
Young-S
ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC
24
37.5
21876
21853
R
-13951.6
Singapore
GB.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13953.5
China
AY.27 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14013
China
B.1.351.5 (Beta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14013
China
CH.1.1.16
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14013
China
AY.19 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14013
China
CH.1.1.6
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-14020.2
US
Q.1 (Alpha)
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-14025.6
China
GA.2
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-14032.2
China
FY.7
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-14032.2
China
BA.2.4
N
CN-CDC-N
GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT
22
50
28881
28902
F
-14051.1
China
XBB.1.28
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14065.9
Japan
HC.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
XBB.1.16.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
HC.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
HC.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
FY.8.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
HC.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
HK.32
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
XBB.1.5.44
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-14069.5
China
AY.105 (Delta)
ORF1ab
HKU-ORF1b
AACRCGCTTAACAAAGCACTC
21
42.86
18909
18889
R
-14093.4
Hong Kong
BN.1.4.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
BE.7
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
BN.1.7
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
BA.5.2.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
BA.5.1.12
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
B.1.568
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
XBC.1.6.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-14094.8
Japan
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 468 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next