Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BA.1.1.13
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
EF.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XP
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
DN.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BE.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.1.1.15
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BF.7.16
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.2.3.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
CQ.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
EC.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.2.52
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XM
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.322
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.160.23
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.416
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.239
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.375
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.432
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.241
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.298
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.433
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.39
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.561
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.605
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.36.29
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.596
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
W.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.565
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.361
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.101
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.478
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.177.86
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.543
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.139
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
C.31
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.221
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.362
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.585
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.351
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.36.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.36.8
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.213
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.12
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.341
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.89
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.36.23
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.177.30
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.315
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.204
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.177.50
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 411 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next