Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
CA.7
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.453
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.637.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.79
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BG.3
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.3.10
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
KN.1.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
XBB.1.10
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BQ.1.1.61
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.5.2.37
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.5.2.10
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
XAS
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.5.3.4
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BE.1.4.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
CH.2
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.5.2.53
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BL.6
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
CM.8.1.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-20725.9
Singapore
A.24
N
US-CDC-N-3
TGTAGCACGATTGCAGCATTG
21
47.62
28752
28732
R
-20743.3
US
XBB.1.24.1
S
Won-S
CTACATGCACCAGCAACTGT
20
50
23114
23133
F
-20747.2
South Korea
XBB.1.16.24
S
Won-S
CACCTGTGCCTGTTAAACCA
20
50
23213
23194
R
-20785.9
South Korea
B.1.626
S
NIID WH-1 F24381R24873
TCAAGACTCACTTTCTTCCAC
21
42.86
24364
24384
F
-20804.6
Japan
DN.1.1.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.626
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.629
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
GA.9
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.61 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.2.75.6
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
GC.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BQ.1.1.16
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.5.2.38
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.1.15.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.15
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.59 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
XBR
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
DJ.1.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AZ.5
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.193
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BL.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
FP.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
DA.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.68 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BQ.1.1.14
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.1.16.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
DN.1.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.160.28
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.5.2 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
DN.1.1.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.1.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.84 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 2208 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next