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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| JQ.2.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| LA.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| LH.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.16 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| LN.1.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.25.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.16.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.57.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.44.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.2.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDD.3 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| KR.1.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| MD.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDD.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.64.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDP.3 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| KR.5 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| KZ.1.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| KS.1.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.19 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.47 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.23 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| KP.4.2.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| LK.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDS | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| LY.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDQ.1.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.18 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| HK.23.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.18 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.21 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.15.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.15.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.18 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.2.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.2 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.14 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.20 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.17 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.8 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| BA.1.1.10 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.28.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.7.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.4.3 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.65 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.39.3 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| XDQ.1 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.4.4 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| JN.1.7.6 | ORF1ab | Charité-ORF1b | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 22 | 54.55 | 15431 | 15452 | F | -20262.1 | Germany |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |