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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.177.68	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
AY.134	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
N.8	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
B.1.1.424	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
B.1.444	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
B.46	N	Chan-N	TTGGATCTTTGTCATCCAATTTG	23	34.78	29306	29284	R	-4360.53	China
BA.5.2.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BF.12	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.1.3	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.13.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.1.24	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
CK.3	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
B.1.355	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
B.1.1.121	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BQ.1.15.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.75.3	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
B.1.258.23	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
B.1.473	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BE.1.1.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.23	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.2.44	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BN.1.3.9	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.9	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BM.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BN.1.3.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.2.20	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BQ.1.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.75	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5 (Omicron)	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BF.7.6	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.2.35	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
JN.1.30.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
JN.1.63	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
LH.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.4 (Omicron)	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.4.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.5.2.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
FL.8	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
XBB.1.5.90	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
EG.6	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
XBC.1.6.1	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
DS.3	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
XBB.2.3.16	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.2.32	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
BA.1.1.13	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
B.1.1.164	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
AY.4.2.1 (Delta)	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
A.2.2	N	SC2	CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG	25	48	29554	29530	R	-4388.79	US
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used