Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.524
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.112
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.167
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
DW.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XAK
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
EN.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
HH.6
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBC.1.6.5
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.625
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
FL.10.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.1.53
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.1.334
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.5.1.23
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.2.13.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XAZ
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XV
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
N.8
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.1.197
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.491
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBC.1.3.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.1.74
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
GN.1.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.4.1.8
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.5 (Omicron)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
CH.1.1.28
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
KW.1.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
KP.2.5
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
KP.1.1.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
JN.1.8.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
JN.7
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
FD.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BN.1.3.9
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
JN.1.9.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XAY.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBB.1.5.71
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
KP.3.1.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
JB.1.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
EW.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBB.1.37
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
CH.1.1.23
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
KD.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BN.1.4.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
DV.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.2.53
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBB.1.43
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
FS.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
XBB.1.5.54
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BQ.1.26
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
ER.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
BA.4.1.11
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 5247 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next