Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.11	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
GJ.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JG.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JR.1.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JG.3.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
HK.8	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
EG.5.1.12	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
GK.1.10	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
FL.20.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
MB.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
EG.5.1.8	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
MD.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
EG.5.1.16	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
EG.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
GS.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
XCZ	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
XBB.1.5.11	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
B.1.177.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
B.1.177.71	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
B.1.1.445	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
FL.13.3.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
B.1.640	N	CN-CDC-N	CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG	22	45.45	28979	28958	R	-3904.8	China
XBB.1.9	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-3900.06	Singapore
CM.8.1.2	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
B.1.1.74	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
B.1.39	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
B.1.274	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
BA.2.58	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
BQ.1.2	N	SC2	CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC	23	43.48	29463	29485	F	-3888.18	US
BA.5.2.3	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.2.36	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BE.1.1.2	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BN.1.5	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.2.23	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BN.1.3.9	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BQ.1.1.8	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
CH.1.1.1	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BQ.1.1.66	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.5.2.6	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
CH.1.1.13	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BQ.1	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
CH.1.1.15	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BQ.1.2	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.5.1	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
XDN	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.5.2.14	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.5.2.1	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BN.1.3	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.5.1.22	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
BA.2.75	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-3872.72	Singapore
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used