Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
AY.125.1 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.160.27
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.4.2.4 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.177.35
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.177.68
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.177.85
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.227
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.496
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.331
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.27
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.30
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.188
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.39
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.494
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.167
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.160.29
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.243.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.124
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.524
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
A.19
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.391
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.407
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.53
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.357
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.318
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.447
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.258.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.4.10 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.10 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.43.8 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.105 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.177.56
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.177.24
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.121.1 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.36.7
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.173
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
CK.1.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
DM.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
BA.1.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
BF.7.17
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
AY.39.1.1 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.59
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
XBB.1.28
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
FW.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
FY.1.2.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.262
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.182
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
B.1.1.218
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
LE.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
JR.1.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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