Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
P.3 (Theta)	S	NIID WH-1 Seq F24383R24865	CAAAGACACCTTCACGAGG	19	52.63	24848	24830	R	-15856	Japan
AY.51 (Delta)	N	Chan-N	GCGTTCTTCGGAATGTCG	18	55.56	29210	29227	F	-15848	China
JN.1.43.1	N	Chan-N	GCGTTCTTCGGAATGTCG	18	55.56	29210	29227	F	-15848	China
JN.1.39.2	N	Chan-N	GCGTTCTTCGGAATGTCG	18	55.56	29210	29227	F	-15848	China
GJ.1.2.4	N	Chan-N	GCGTTCTTCGGAATGTCG	18	55.56	29210	29227	F	-15848	China
B.1.1.404	N	Chan-N	GCGTTCTTCGGAATGTCG	18	55.56	29210	29227	F	-15848	China
JD.1.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 F509R854	CAGAAGTTGTTATCGACATAGC	22	40.91	837	816	R	-15822.5	Japan
AY.110 (Delta)	ORF1ab	Won-ORF1ab	CATGTGTGGCGGTTCACTAT	20	50	15441	15460	F	-15821.4	South Korea
FL.15.1	ORF1ab	Won-ORF1ab	CATGTGTGGCGGTTCACTAT	20	50	15441	15460	F	-15821.4	South Korea
B.1.112	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-15806	Singapore
GA.7.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
AY.43.5 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
B.1.177.35	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BA.2.3.11	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
AY.62 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
FL.2.3.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BE.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
JN.1.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BE.6	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
CM.7.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
JQ.2.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
JF.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
FW.1.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
XBB.1.33	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
FW.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
FR.1.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BE.8	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BF.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BA.2.16	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
CH.1.1.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BA.2.36	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
CR.1.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
BR.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
B.19	N	NIID-JP-N	TGGCAGCTGTGTAGGTCAAC	20	55	29282	29263	R	-15770	Japan
B.1.1.242	S	Young-S	TATACATGTCTCTGGGACCA	20	45	21763	21782	F	-15766.7	Singapore
GK.1.7	S	NIID WH-1 Seq F24383R24865	CAAAGACACCTTCACGAGG	19	52.63	24848	24830	R	-15743.2	Japan
BA.2.83	S	NIID WH-1 Seq F24383R24865	CAAAGACACCTTCACGAGG	19	52.63	24848	24830	R	-15743.2	Japan
XBB.1.5.91	S	NIID WH-1 F24381R24873	TCAAGACTCACTTTCTTCCAC	21	42.86	24364	24384	F	-15723.7	Japan
A.28	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15722.9	Japan
XBB.1.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15722.9	Japan
B.1.160.29	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15722.9	Japan
A.29	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15722.9	Japan
AY.122.2 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15722.9	Japan
AY.34.2 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 F509R854	CTCGAACTGCACCTCATGG	19	57.89	492	510	F	-15700.2	Japan
B.1.1.322	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
B.1.139	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
AY.112.2 (Delta)	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
B.1.1.389	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
JN.1.16.3	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
MM.1	N	NIID-JP-N	AAATTTTGGGGACCAGGAAC	20	45	29125	29144	F	-15698.6	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used