Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
HV.1.10
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
GACATAGCGAGTGTATGCC
19
52.63
823
805
R
-18436.1
Japan
HK.13
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
BF.19
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
B.1.177.74
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
XBJ.1
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
B.1.428.1
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
B.1.1.352
N
US-CDC-N-3
GGGAGCCTTGAATACACCAAAA
22
45.45
28681
28702
F
-18427.7
US
B.19
N
NIH-TH_N
CGTTTGGTGGACCCTCAGAT
20
55
28320
28339
F
-18418.6
Thailand
XD
S
Chan-S
CAAGCTATAACGCAGCCTGTA
21
47.62
22869
22849
R
-18417.7
China
B.1.1.300
N
US-CDC-N-2
GCGCGACATTCCGAAGAA
18
55.56
29230
29213
R
-18362.1
US
P.1 (Gamma)
ORF1ab
NIID WH-1 F509R854
CTCGAACTGCACCTCATGG
19
57.89
492
510
F
-18356.8
Japan
FY.4.1.2
S
Won-S
CACCTGTGCCTGTTAAACCA
20
50
23213
23194
R
-18353.2
South Korea
BA.5.3.5
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
MD.1.1
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
DV.7.1.5
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
B.1.117
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
BN.1.3.11
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
XBB.1.5.37
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
B.1.1.369
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
AY.60 (Delta)
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
HK.18
ORF1ab
Yip-ORF1ab
TTGTTATAGCGGCCTTCTGT
20
45
1970
1951
R
-18352.5
China
BA.2.62
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.80 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.43.8 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.128 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
A.21
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.220
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.58
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.258.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.438
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.257
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.5.4 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.323
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.15
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.105 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.4.4 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.4.9 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.398
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AY.94 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
HK.18
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.177.18
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.177.17
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.164
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.275
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.258.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.177.58
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.177.81
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.419
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.151
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.36.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 4386 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next