Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
FY.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
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18
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-18837.8
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XCE
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18
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12780
R
-18837.8
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GU.1
ORF1ab
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18
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12780
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-18837.8
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44.44
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-18837.8
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JA.1
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18
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18
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ORF1ab
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18
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BA.5.1.17
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18
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ORF1ab
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BA.5.1.12
ORF1ab
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BY.1
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18
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BN.1.3.9
ORF1ab
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BA.2.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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44.44
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BM.1
ORF1ab
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18
44.44
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ORF1ab
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44.44
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BA.1.1 (Omicron)
ORF1ab
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BA.4.1
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DV.3
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BE.1
ORF1ab
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BR.1
ORF1ab
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BF.7.6
ORF1ab
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18
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BA.4.6.5
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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BQ.1.1.26
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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BQ.1.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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