Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
CN.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.2.17
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BG.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BF.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.4.1.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.576
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.325
ORF1ab
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18
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B.1.22
ORF1ab
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18
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B.1.521
ORF1ab
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B.1.206
ORF1ab
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18
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-18837.8
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B.28
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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B.1.1.77
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12797
12780
R
-18837.8
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
France
BM.2.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
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XBE
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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BE.1.4.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
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BA.2.3.12
ORF1ab
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BA.2.3.14
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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AY.93 (Delta)
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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GW.5.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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DN.3
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
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BA.4.1.3
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
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BW.1.1.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
France
XBB.2.7
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.312
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.220
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.142
ORF1ab
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18
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12780
R
-18837.8
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B.1.523
ORF1ab
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18
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12797
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R
-18837.8
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C.36.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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B.1.1.418
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18
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12780
R
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B.1.1.389
ORF1ab
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18
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R
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B.1.177.53
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.363
ORF1ab
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18
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12797
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B.1.405
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
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B.1.1.282
ORF1ab
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18
44.44
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B.1.1.228
ORF1ab
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ORF1ab
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18
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AY.88 (Delta)
ORF1ab
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AY.106 (Delta)
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B.1.346
ORF1ab
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B.1.1.93
ORF1ab
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R
-18837.8
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B.1.1.512
ORF1ab
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R
-18837.8
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CP.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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ORF1ab
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18
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-18837.8
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BF.40
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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BN.1.3.3
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
France
BQ.1.1.57
ORF1ab
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18
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-18837.8
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EF.1.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
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BQ.1.29
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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