Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.433
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.39
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.561
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.605
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.36.29
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.596
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
W.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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B.1.565
ORF1ab
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18
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France
B.1.361
ORF1ab
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18
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12780
R
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France
B.1.1.101
ORF1ab
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18
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12780
R
-18837.8
France
B.1.478
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
France
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
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-18837.8
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12797
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-18837.8
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B.1.139
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
C.31
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.221
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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B.1.362
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18
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B.1.1.265
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18
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R
-18837.8
France
B.1.585
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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B.1.1.351
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.36.1
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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B.1.36.8
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.480
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.214
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.1.304
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.214.2
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
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B.1.577
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.639
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
A.2.5.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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AZ.3
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18
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R
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18
44.44
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12780
R
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France
B.1.1.227
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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U.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.36.28
ORF1ab
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18
44.44
12797
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R
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ORF1ab
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ORF1ab
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R
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ORF1ab
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ORF1ab
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18
44.44
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B.1.1.51
ORF1ab
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B.1.1.308
ORF1ab
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18
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B.1.1.138
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B.1.379
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B.1.1.240
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B.1.240.2
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18
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12780
R
-18837.8
France
AY.121.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.1.46
ORF1ab
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18
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B.1.177.44
ORF1ab
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18
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B.1.177.3
ORF1ab
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18
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12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.389
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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