Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BQ.1.21
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BN.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BN.1.8
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.28 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.272
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.371
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
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AA.1
ORF1ab
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18
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ORF1ab
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18
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18
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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A.11
ORF1ab
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18
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-18837.8
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AY.22 (Delta)
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B.1.36.33
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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AC.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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C.27
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18
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-18837.8
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B.1.1.421
ORF1ab
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18
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-18837.8
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B.1.1.364
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.82
ORF1ab
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18
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-18837.8
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18
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18
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-18837.8
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ORF1ab
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18
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-18837.8
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A.2.3
ORF1ab
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
France
B.1.1.288
ORF1ab
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18
44.44
12797
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-18837.8
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B.1.249
ORF1ab
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B.1.97
ORF1ab
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-18837.8
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ORF1ab
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18
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ORF1ab
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B.1.1.408
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
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ORF1ab
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Q.7 (Alpha)
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-18837.8
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B.1.1.262
ORF1ab
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18
44.44
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-18837.8
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ORF1ab
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18
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B.1.351.5 (Beta)
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-18837.8
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FZ.1.1
ORF1ab
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18
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-18837.8
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XBC.1.6.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
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-18837.8
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FQ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
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-18837.8
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JB.1.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
France
XBB.1.17
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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