Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.143
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.177.29
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
XBB.1.48
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.46.6.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.112.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.360
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.177.49
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
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-18837.8
France
B.1.1.347
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
France
B.1.195
ORF1ab
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18
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ORF1ab
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18
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-18837.8
France
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ORF1ab
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18
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-18837.8
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B.1.78
ORF1ab
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18
44.44
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R
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France
B.1.1.16
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
France
B.1.231
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.1.49
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.67
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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B.1.1.190
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.120
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
AM.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
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AA.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
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B.1.1.249
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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AA.3
ORF1ab
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18
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France
B.1.505
ORF1ab
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B.1.1.74
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18
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-18837.8
France
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ORF1ab
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-18837.8
France
B.1.1.29
ORF1ab
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44.44
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R
-18837.8
France
AA.8
ORF1ab
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18
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France
B.1.1.133
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
B.18
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.1.466
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.489
ORF1ab
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
France
B.1.1.363
ORF1ab
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.1.95
ORF1ab
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18
44.44
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12780
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B.1.36.26
ORF1ab
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18
44.44
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-18837.8
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B.1.531
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
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B.1.1.45
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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ORF1ab
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France
B.1.1.299
ORF1ab
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R
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B.1.1.55
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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R
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B.1.1.149
ORF1ab
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44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.300
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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B.1.179
ORF1ab
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R
-18837.8
France
C.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
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-18837.8
France
C.25
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
B.1.1.125
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
France
G.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.438
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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R
-18837.8
France
B.1.35
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.178
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.208
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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