Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BA.2.61
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.5.1.23
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BF.8
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.2.74
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.2.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BM.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.5.2.28
ORF1ab
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18
44.44
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12780
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-18837.8
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BA.5.2.62
ORF1ab
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18
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-18837.8
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BA.5.2.24
ORF1ab
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18
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-18837.8
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18
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ORF1ab
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-18837.8
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BF.28
ORF1ab
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18
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12780
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-18837.8
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BA.5.1.1
ORF1ab
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
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BE.1.1.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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XAZ
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
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-18837.8
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BE.4
ORF1ab
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18
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18
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BA.5.1.16
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-18837.8
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BA.5.2.26
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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BA.5.2.2
ORF1ab
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18
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-18837.8
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ORF1ab
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-18837.8
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C.5
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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R
-18837.8
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AF.1
ORF1ab
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18
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B.1.177.89
ORF1ab
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18
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-18837.8
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M.2
ORF1ab
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18
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France
B.1.1.333
ORF1ab
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18
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France
B.1.1.429
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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B.1.463
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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U.3
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.373
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18
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R
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18
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12780
R
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France
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ORF1ab
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18
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-18837.8
France
C.36.2
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
France
AN.1
ORF1ab
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18
44.44
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France
B.1.177.28
ORF1ab
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18
44.44
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B.1.221.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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R
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France
B.1.1.242
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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B.1.160.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.449
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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-18837.8
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B.1.1.152
ORF1ab
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18
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B.1.146
ORF1ab
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D.5
ORF1ab
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18
44.44
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B.1.81
ORF1ab
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44.44
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ORF1ab
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18
44.44
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B.1.160.11
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
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B.1.160.10
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
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B.1.177.71
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.445
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.21 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.1.123
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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