Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.170
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.23
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.506
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.6.8
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.438.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.30
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.188
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.39
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.50
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.1.226
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.546
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.194
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.429.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
P.1.9 (Gamma)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.25.1.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.203
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.157
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.1.176
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
AY.3.4 (Delta)
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.393
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
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B.1.432
ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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B.1.1.388
ORF1ab
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44.44
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R
-18837.8
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P.6
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.48
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.274
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.515
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.258.23
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.370
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.137
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.309
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.632
ORF1ab
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.72
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.108
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12797
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R
-18837.8
France
B.1.332
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
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12797
12780
R
-18837.8
France
AY.42.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.494
ORF1ab
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18
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R
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B.1.167
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.267
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.165
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.554
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.243.2
ORF1ab
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
A.2.5.3
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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B.1.450
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AY.130
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.444
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
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-18837.8
France
AW.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.268
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
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B.1.344
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.103
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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