Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
AJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.459
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.160.29
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.415.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
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B.1.243.1
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.1.98
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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12780
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ORF1ab
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18
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18
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-18837.8
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B.1.579
ORF1ab
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18
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-18837.8
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N.10
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
France
P.1.11 (Gamma)
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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B.1.435
ORF1ab
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18
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12797
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18
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ORF1ab
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R
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ORF1ab
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18
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R
-18837.8
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XAQ
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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18
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ORF1ab
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18
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B.1.524
ORF1ab
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18
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A.23
ORF1ab
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-18837.8
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R
-18837.8
France
BA.2.38.3
ORF1ab
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18
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-18837.8
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ORF1ab
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18
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-18837.8
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-18837.8
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BA.5.1.36
ORF1ab
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-18837.8
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18
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R
-18837.8
France
N/A
ORF1ab
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18
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R
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B.1.1.109
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12780
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ORF1ab
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A.12
ORF1ab
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18
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ORF1ab
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B.1.1.319
ORF1ab
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-18837.8
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B.1.1.430
ORF1ab
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ORF1ab
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B.19
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-18837.8
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B.1.37
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-18837.8
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N.7
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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ORF1ab
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C.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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