Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.111
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.36.27
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.36.19
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.336
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.400.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.537
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
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-20262.1
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B.1.548
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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B.1.492
ORF1ab
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-20262.1
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-20262.1
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B.1.487
ORF1ab
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22
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-20262.1
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B.1.1.118
ORF1ab
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F
-20262.1
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-20262.1
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A.12
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B.1.36.37
ORF1ab
Charité-ORF1b
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-20262.1
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B.1.1.319
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B.19
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-20262.1
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B.1.37
ORF1ab
Charité-ORF1b
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-20262.1
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N.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
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Germany
B.1.1.431
ORF1ab
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22
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-20262.1
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C.12
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.170
ORF1ab
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22
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F
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-20262.1
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-20262.1
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ORF1ab
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F
-20262.1
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ORF1ab
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15452
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-20262.1
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ORF1ab
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-20262.1
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ORF1ab
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15452
F
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B.1.188
ORF1ab
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B.1.39
ORF1ab
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B.50
ORF1ab
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-20262.1
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B.1.501
ORF1ab
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22
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F
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B.1.1.226
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.546
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
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B.1.194
ORF1ab
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22
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F
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B.1.429.1
ORF1ab
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-20262.1
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P.1.9 (Gamma)
ORF1ab
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F
-20262.1
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ORF1ab
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-20262.1
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B.1.1.157
ORF1ab
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B.1.1.176
ORF1ab
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B.1.1.391
ORF1ab
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22
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B.1.393
ORF1ab
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B.1.1.388
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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