Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.242
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.160.9
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.449
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.152
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.146
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
D.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.81
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.258.24
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
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-20262.1
Germany
B.1.160.11
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.160.10
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
Germany
B.1.177.71
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.1.1.445
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
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DK.1
ORF1ab
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22
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-20262.1
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B.1.1.424
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22
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F
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B.1.1.327
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.1.1.129
ORF1ab
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ORF1ab
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-20262.1
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C.20
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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B.1.1.224
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22
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-20262.1
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B.1.177.14
ORF1ab
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22
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B.1.618
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
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B.1.1.458
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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B.1.1.17
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.258.22
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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AG.1
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.258.16
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
W.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.264.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.133
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.18
ORF1ab
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F
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B.1.1.466
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B.1.489
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F
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B.1.1.363
ORF1ab
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F
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B.1.1.95
ORF1ab
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22
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F
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B.1.36.26
ORF1ab
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F
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B.1.1.45
ORF1ab
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B.1.1.200
ORF1ab
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22
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15431
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B.1.1.299
ORF1ab
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15431
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F
-20262.1
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B.1.1.55
ORF1ab
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22
54.55
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15452
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B.1.1.300
ORF1ab
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22
54.55
15431
15452
F
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B.1.179
ORF1ab
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22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
C.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
C.25
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.125
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
G.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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