Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.182
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.218
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
A.11
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.128
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.36.33
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.405
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
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B.1.1.296
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.412
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
AC.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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C.27
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.421
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.364
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.82
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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22
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A.2.3
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F
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B.1.466.2
ORF1ab
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22
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B.1.177
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C.36
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F
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B.1.222
ORF1ab
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-20262.1
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B.1.323
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-20262.1
Germany
A.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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BA.2.58
ORF1ab
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-20262.1
Germany
BA.4.1.6
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F
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BA.2.3.6
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BA.2.3.4
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F
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F
-20262.1
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BQ.1.1.36
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F
-20262.1
Germany
EF.1.1.1
ORF1ab
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F
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BQ.1.32
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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BA.2.68
ORF1ab
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22
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B.1.466
ORF1ab
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L.4
ORF1ab
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F
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B.1.1.339
ORF1ab
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B.1.229
ORF1ab
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B.1.415
ORF1ab
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B.1.1.370
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.421
ORF1ab
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B.1.428.3
ORF1ab
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F
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B.1.612
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.1.305
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
DN.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
BA.4.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BW.1.1.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.312
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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