Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BF.17
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
XR
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.350.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.254
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.418
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.9.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.40
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.122
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
XAJ
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.431
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.168
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
Germany
Q.6 (Alpha)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
AZ.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.97
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
B.1.177.32
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.59
ORF1ab
Charité-ORF1b
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-20262.1
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B.1.177.67
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B.1.277
ORF1ab
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B.1.1.359
ORF1ab
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F
-20262.1
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BA.2.66
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.1.485
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
CP.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.177.73
ORF1ab
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-20262.1
Germany
B.1.1.13
ORF1ab
Charité-ORF1b
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-20262.1
Germany
Q.8 (Alpha)
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Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
Germany
B.3.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.440
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.177.25
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.198
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
XAF
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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BC.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
P.1.17.1 (Gamma)
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.177.41
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.375
ORF1ab
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B.1.1.99
ORF1ab
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F
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B.1.343
ORF1ab
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B.1.1.409
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-20262.1
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B.1.1.83
ORF1ab
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B.1.1.310
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.362.1
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.1.162
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
Y.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.86
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.154
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
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B.4.8
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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A.2.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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B.41
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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-20262.1
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B.1.1.137
ORF1ab
Charité-ORF1b
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54.55
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Germany
B.1.446
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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-20262.1
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B.1.1.398
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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