Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
XDR.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
JN.1.49.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.441
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.509
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.293
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
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MD.3
ORF1ab
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LE.1.1
ORF1ab
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F
-20262.1
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XDQ
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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B.1.582
ORF1ab
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ORF1ab
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ORF1ab
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BA.2.86.1
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-20262.1
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Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
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Primer Direction
ΔG (cal)
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