Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.341
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.89
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.36.23
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.177.30
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.315
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.204
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.177.50
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.170
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.232
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
Z.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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F
-20695.4
Singapore
V.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.282
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Singapore
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ORF1ab
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-20695.4
Singapore
A.25
ORF1ab
Young-ORF1ab
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-20695.4
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
B.45
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
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TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.525
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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14155
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F
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.639
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
A.2.5.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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Singapore
AZ.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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Singapore
U.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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14178
F
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Singapore
B.1.36.28
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
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Singapore
B.1.177.24
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
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14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.236
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
14155
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F
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Singapore
B.1.1.153
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
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Singapore
B.1.1.302
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.194
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.177.55
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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-20695.4
Singapore
B.1.1.51
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.308
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.138
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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