Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
BA.1.14.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
BA.1 (Omicron)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
BA.1.17.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
AY.99.2 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.52	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.42	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
MJ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.1.6	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.18.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LF.4.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XDK.1.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XBB.1.5.20	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LB.1.7.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.18.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KP.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XDP.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KP.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.31	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.11.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.13.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
BA.2.86.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
HK.3.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.6	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JG.3.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.22	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.15	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
HV.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.58	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.24	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KQ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.46	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.1.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.48	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.47.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.7.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.8.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.626	S	NIID WH-1 F24381R24873	TCAAGACTCACTTTCTTCCAC	21	42.86	24364	24384	F	-20804.6	Japan
XBB.1.16.24	S	Won-S	CACCTGTGCCTGTTAAACCA	20	50	23213	23194	R	-20785.9	South Korea
XBB.1.24.1	S	Won-S	CTACATGCACCAGCAACTGT	20	50	23114	23133	F	-20747.2	South Korea
A.24	N	US-CDC-N-3	TGTAGCACGATTGCAGCATTG	21	47.62	28752	28732	R	-20743.3	US
CM.8.1.4	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-20725.9	Singapore
DV.6.1	E	Niu-E	CACGTTAACAATATTGCAGC	20	40	26391	26372	R	-20723.8	China
BN.1.2.1	E	Niu-E	CACGTTAACAATATTGCAGC	20	40	26391	26372	R	-20723.8	China
BN.1.4	E	Niu-E	CACGTTAACAATATTGCAGC	20	40	26391	26372	R	-20723.8	China
BF.11.4	E	Niu-E	CACGTTAACAATATTGCAGC	20	40	26391	26372	R	-20723.8	China
BA.2.14	E	Niu-E	CACGTTAACAATATTGCAGC	20	40	26391	26372	R	-20723.8	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used