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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B.1.362.2 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.177.48 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36.9 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.520 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36.38 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.521 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.383 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.117 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.157 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.187 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.160.30 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.213 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.341 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.89 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36.23 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.177.30 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.204 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.177.50 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.232 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.177.84 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.76 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.301 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.269 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.234 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| Z.1 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| V.1 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36.22 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.282 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.131 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.274 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| A.25 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.235 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.177.65 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.45 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.165 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.258.12 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36.8 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.243 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| R.2 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.216 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.471 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| C.16 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.420 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| L.3 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.36 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.518 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.551 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| C.17 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.1.207 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| B.1.604 | ORF1ab | NIID WH-1 Seq F519R840 | ACCTCATGGTCATGTTATGG | 20 | 45 | 502 | 521 | F | -20812.9 | Japan |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |