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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used
  
AY.76 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.398ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.163ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
P.3 (Theta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.38.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XAVORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BE.1.4.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBC.1.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BF.20ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.77ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CP.1.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.5.55ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HH.8.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FM.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FK.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.2.7.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.8.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EU.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.14ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.21ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EJ.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BM.1.1.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.123.1 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.9.2.2 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EW.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBF.7ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.1.37ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BN.1.4.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EW.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CH.1.1.17ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.2.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBF.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBPORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CH.1.1.22ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.36ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.37ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.2.10ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.21ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BN.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BN.1.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.256ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.26ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.177.77ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.34ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.248ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.32ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.70ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.43ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.559ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.14ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used