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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| HK.31 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| HG.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| EG.4.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.9.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FL.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FY.1.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XDB | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| GA.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.5.35 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| GM.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FL.3.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.5.44 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FU.3.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FV.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| GJ.1.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.16.7 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.22.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FE.1.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBL.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.5.56 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.16.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| EG.1.8 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1.5.49 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBL.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FR.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| FL.17 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.2.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.3.2.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.4.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.3.2.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| JN.1.65.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LF.1.1.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KS.1.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| MK.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.4.1.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.4.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LB.1.7.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| JN.1.42.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LA.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LF.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.4 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| KP.2.16 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XBB.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| XDV.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| JN.1.48.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LR.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LF.5 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| LB.1.4.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| JN.1.64 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| JN.9 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |