Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.230
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.230
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.230
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.535
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.535
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.535
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.535
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
A.7
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
A.7
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
A.7
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
A.7
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
A.24
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
A.24
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
A.24
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
A.24
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.564.1
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.438.1
ORF1ab
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18
44.44
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12707
F
-17837.6
France
B.1.438.1
ORF1ab
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18
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-18837.8
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19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
B.1.438.1
ORF1ab
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20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.290
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.290
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.290
ORF1ab
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19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.290
ORF1ab
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20
40
14186
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-18348.8
France
B.1.341
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18
44.44
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F
-17837.6
France
B.1.341
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.341
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.341
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.161
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.161
ORF1ab
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18
44.44
12797
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R
-18837.8
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B.1.161
ORF1ab
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19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.161
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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20
40
14186
14167
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-18348.8
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ORF1ab
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18
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12690
12707
F
-17837.6
France
AY.69 (Delta)
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18
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12780
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-18837.8
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AY.69 (Delta)
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19
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14098
F
-18581.4
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AY.69 (Delta)
ORF1ab
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20
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B.46
ORF1ab
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18
44.44
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B.46
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40
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44.44
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F
-17837.6
France
B.1.1.139
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.139
ORF1ab
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19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.139
ORF1ab
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40
14186
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-18348.8
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B.1.508
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44.44
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F
-17837.6
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B.1.508
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44.44
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-18837.8
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B.1.508
ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
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B.1.508
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
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14186
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R
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AE.8
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
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12707
F
-17837.6
France
AE.8
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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