Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.165
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AE.5
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
AE.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AE.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AE.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.504
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.504
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.504
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.504
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
AE.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
AE.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
AE.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AE.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.201
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.201
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.201
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.201
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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20
40
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ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.221
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
B.1.1.221
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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14098
F
-18581.4
France
B.1.1.221
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
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-18348.8
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B.1.1.410
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.410
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
France
B.1.1.410
ORF1ab
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19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
B.1.1.410
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.411
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
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12707
F
-17837.6
France
B.1.1.411
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.411
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.411
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.109
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
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B.1.1.109
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
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-18837.8
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B.1.1.109
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.109
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
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B.1.1.361
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.361
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.361
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
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B.1.1.431
ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
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12707
F
-17837.6
France
B.1.1.431
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.431
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
B.1.1.431
ORF1ab
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20
40
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F
-17837.6
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C.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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C.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
C.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.170
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.170
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.170
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.170
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.23
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.23
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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