Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.306
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.306
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.306
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.328
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.1.328
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.328
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.1.328
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.636
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.636
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.636
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.636
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
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France
B.1.126
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
B.1.126
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.126
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.126
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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20
40
14186
14167
R
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BQ.1.1.47
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18
44.44
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12707
F
-17837.6
France
BQ.1.1.47
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
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BQ.1.1.47
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BQ.1.1.47
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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20
40
14186
14167
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-18348.8
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ORF1ab
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18
44.44
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F
-17837.6
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XDQ.3
ORF1ab
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18
44.44
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XDQ.3
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19
42.11
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F
-18581.4
France
XDQ.3
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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R
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France
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
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F
-17837.6
France
JD.1.1.2
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
JD.1.1.2
ORF1ab
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19
42.11
14080
14098
F
-14403.2
France
JD.1.1.2
ORF1ab
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20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
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ORF1ab
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
XBC.1.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
XBC.1.1
ORF1ab
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19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBC.1.1
ORF1ab
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20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FY.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
FY.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
FY.9
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
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FY.9
ORF1ab
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20
40
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19
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F
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ORF1ab
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20
40
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20
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ATGAGCTTAGTCCTGTTG
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XBB.1.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BN.1.3.11
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
ATGAGCTTAGTCCTGTTG
18
44.44
12690
12707
F
-17837.6
France
BN.1.3.11
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
France
BN.1.3.11
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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